36 metų aktorė iki šiol vaikų neturėjo, ji neištekėjusi. 2002 m. filmo "24 valandos" kūrimo aikštelėje ji susipažino su aktoriumi Stewartu Thousandu ir su juo užmezgė romaną. Pora buvo laikoma viena iš tvirčiausių Holivude, tačiau vedybomis jų istorija taip ir nesibaigė. 2010 m. sausį Stewartas ir Charlize išsiskyrė. Aktorė per interviu ne kartą teigė, kad neskuba tekėti, nes santuoką ji vertinanti pernelyg rimtai.
Rašyti komentarą